Lastovo s pripadajućim otočjem izgrađeno je od jurskih i krednih naslaga koje tvore pretežno dolomiti, dolomitizirani vapnenac, te čisti vapnenac.
Najviši vrh otoka Lastova, Hum (417), čini najljepši vidikovac na otoku pružajući pogled na razvijenosti reljefa vidljivoj u zaobljenim brežuljcima, duboko usječenim uvalama, te poljima, a s druge strane i beskrajan pogled na more i otočje. Nešto niži vrhovi su Mali Hum (415), te Pleševo brdo (400).
Morfološki je značajna izmjena brojnih odvojenih šumovitih brežuljaka i krških uvala – polja (najveća su Vinopolje, Lokavje, te Prgovo), koja su nastala u nepropusnim zonama dolomita ili u polupropusnim dolomitiziranim vapnencima.
Krška građa Lastova pogodovala je i postanku špilja. Najpoznatija je Rača špilja u jugoistočnom dijelu otoka (zaštićena kao geomorfološki spomenik prirode i arheološko nalazište od 1965. godine), te Medjedina (nekadašnje obitavalište sredozemne medvjedice, a danas poznatoj po većim populacijama šišmiša).