Geološka obilježja
Lastovo s pripadajućim otočjem izgrađeno je od jurskih i krednih naslaga koje tvore pretežno dolomiti, dolomitizirani vapnenac, te čisti vapnenac.
Najviši vrh otoka Lastova, Hum (417 m), čini najljepši vidikovac na otoku pružajući pogled na razvijenost reljefa vidljivu u zaobljenim brežuljcima, duboko usječenim uvalama, te poljima, a s druge strane i beskrajan pogled na more i otočje. Nešto niži vrhovi su Mali Hum (415 m), te Pleševo brdo (400 m).
Morfološki je značajna izmjena brojnih odvojenih šumovitih brežuljaka i krških uvala – polja (od brojnih najveća su Vinopolje, Lokavje, te Prgovo), koja su nastala u nepropusnim zonama dolomita ili u polupropusnim dolomitiziranim vapnencima.
Krška građa Lastova pogodovala je i postanku špilja. Najpoznatija je Rača špilja u jugoistočnom dijelu otoka – zaštićena kao geomorfološki spomenik prirode i arheološko nalazište od 1965. godine, te Medjedina – nekadašnje obitavalište sredozemne medvjedice, a danas poznatoj po većim populacijama šišmiša.
Biologija - kopno
Flora
Lastovsko otočje jedno je od najbogatijih i najočuvanijih botaničkih područja na Sredozemlju.
Sastav flore otoka Lastova odredila je pučinska osama, obilje sunčeve svijetlosti i noćne vlage te posebno i duboko lastovsko tlo. Od 810 do sada zabilježenih vrsta može se susresti sve od ugroženih vrsta, drugdje iščeznulih vrsta, endema i stenoendema.
Osim bjeličaste gromotulje (Aurinia leucadea) kao botaničke zanimljivosti i rijetkosti, ističe se osobita rijetkost hrvatske flore, trava trsovez (Ampelodesmos mauretanica) koja se može naći samo na Lastovu te stenoendem i zakonom strogo zaštićena vrsta dalmatinski kozlinac (Biserrula pelecinus ssp. dalmatica).
Flora otoka Sušca nastala je pod utjecajem nedostatka vode na oskudnom tlu i stalnoj izloženosti snažnim južnim vjetrovima. Ova specifična flora broji 278 biljnih vrsta, a među osam endema ističe se sušačka vrzina (Brassica cazzae) koja naseljava pukotine obalnih i priobalnih stijena.
Oko 70% površine otočja prekriveno je šumom, što čini Lastovo pored Mljeta najšumovitijim hrvatskim otokom. Prekriven je pretežno makijom – najljepše drvo je planika (Arbutus unedo), no značajni pokrov je crnika (Quercus ilex) uz koju se ističu i šume alepskog bora (Pinus halepensis). Ispod šumskog pokrova nađu se i gljive.
Lastovske kuće rese mediteranske biljke: bajam, limun, naranča, palma, rogač. Ovo podneblje također pogoduje i rastu ljekovitog bilja poput kadulje, mente, stolisnika, ružmarina, lavande, komorača, te kamilice. Od uzgojenih biljaka prevladavaju vinova loza, te maslina.
Fauna
Životinjski svijet otočja također je vrlo bogat. Do sad je zabilježeno 175 vrsta kralježnjaka od čega je njih 71 ugroženo na nacionalnoj te 37 vrsta ugroženih na europskoj razini.
Lastovske špilje dom su šišmišima koji u njima nalaze skloništa ili mjesta za razmnožavanje, kao što je to Medjedina gdje su se smjestile 3 ugrožene vrste šišmiša – južni potkovnjak (Rhinolopus euryale), riđi šišmiš (Myotis emarginatus) i veliki potkovnjak (Rhinolophus ferrumequinum).
Lastovsko otočje važno je odmorište mnogim pticama selicama, uz to i gnjezdilište rijetke gregule (Puffinus yelkouan) i velikog zovoja (Calonectris diomedea). Na otočnim skupinama Lastovnjaci i Vrhovnjaci gnijezdi se oko 70 % hrvatske populacije sredozemnog galeba (Larus audouinii) koji je ugrožen na globalnoj razini. Na liticama Struge (Velike stijene) gnijezdi se i rijedak eleonorin sokol (Falco eleonorae).
Zanimljivost je da na otočju nema otrovnih zmija, a jedina je zmija stepski guž ili smičalina (Dolichophis caspius). Lastovsko je otočje i stanište stenoendemičnih gušterica – jadranske gušterice (Podarcis sicula adriatica) i lastovske gušterice (Podarcis melisellensis n. ssp.).
Područje je bogato i mikro faunom, posebice kukcima, paučnjacima i puževima.
Biologija - more
Flora
O bogatstvu podmorja otočja govori broj od 248 vrsta morske flore, a taj je broj na ovom malom području jednak onom sa širokog prostora srednjeg i južnog Jadrana. Na ovom području dolazi do sezonskog dotoka hranjivih tvari iz dubokog Jadrana i ta pojava omogućuje bujanje morskog života.
Kamenito dno obilno je pokriveno fotofilnim algama, dok su plitka uzobalna dna prekrivena ugroženim i zaštićenim livadama morske cvjetnice posidonije (Posidonia oceanica). Ova je vrsta jako važno mrijestilište i zaklon raznim morskim vrstama. Skrivena luka iznimno je rijetko stanište zelene alge Caulerpa prolifera jedine autohtone kaulerpe u Jadranu.
Fauna
Zahvaljujući obilju i raznovrsnosti zooplanktona, podmorje Parka bogato je koraljima, spužvama, mekušcima, mahovnjacima, bodljikašima, rakovima te mnogim drugim vrstama, pa su karike podmorskog životnog lanca vrlo snažne. Do sada je zabilježeno 330 vrsta beskralježnjaka, od kojih je 20 na popisu ugroženih vrsta.
Posebno se ljepotom ističu naselja gorgonija (Gerardia savaglia), naselja crvenog koralja (Corallium rubrum) te endemični hvarski koralj (Madracis pharensis).
U zoni oscilacije plime i oseke žive razni morski puževi (nanari), te priljepci (lupari). Prate ih morski ježevi, te hobotnice i sipe. Zaštitni znak hridastog dna lastovskog akvatorija kolonije su brkatog jastoga, hlapovi, kuke (sovice) i rakovice. Tu obitavaju i rijetke vrste puževa – tritonova truba (Charonia tritonis sequenza), prugasta mitra (Mitra zonata) i puž bačvaš (Tonna galea).
Vrste riba karakteristične za ovo područje su škrpun, škrpina, kirnja, zubatac, kantar, trlja od kamena, tabinja mrkulja, lumbrak, murina, ugor i druge. Takođjer, nađu se i tune, gofovi, te sabljani.
U otvorenim vodama ovog područja često se može vidjeti nekoliko vrsta dupina – kratkokljuni obični dupin (Delphinus delphis), dobri dupin (Tursiops truncatus) i glavati dupin (Grampus griseus) te kornjače – glavata želva (Caretta caretta) i zelena želva (Chelonia mydas).
Na osamljenim hridima špilje Medjedine nekoć je obitavala i sredozemna medvjedica (Monachus monachus), no poneki susreti otočana s bivšom stanarkom gaje nadu u njezin povratak
Ekološka mreža Republike Hrvatske predstavlja područja ekološke mreže Europske unije Natura 2000, a čine je područja očuvanja značajna za ptice i područja očuvanja značajna za vrste i stanišne tipove.
Ekološka mreža na području općine Lastovo i “Parka prirode Lastovsko otočje“ obuhvaća područja važna za divlje svojte i stanišne tipove te međunarodno važna područja za ptice.
Iako je Jadran podjednako širok na cijeloj svojoj dužini i preleti ptica idu u širokoj fronti, čini se da postoje i dijelovi na kojima je prelet intenzivniji. Koridor Lastovo-Palagruža-Pelješac, važan je za velika upečatljiva jata ne-pučinskih vrsta ptica koje na selidbi prelijeću Jadran. Naime, podaci ukazuju na to da je ovo područje tzv. «usko grlo» za prelet nekih vrsta grabljivica i ždralova. Ptice se za preleta koncentriraju na potezu poluotok Gargano (Italija)-Palagruža-Lastovo-Pelješac-Rilić. Tu se, primjerice, sigurno odmara više od 700 škanjaca osaša i više od tisuću ždralova. Prisutne su i različite dobro poznate i široko rasprostranjene obalne ptice: gnjurci, vranci, galebovi, ronci i čigre. Osim navedenih, za ovo područje karakteristične su i pučinske ptice. Za pučinsku pticu iz porodice zovoja, gregulu (Punus yelkouan), sigurno je da se gnijezdi na otočiću Zaklopatici u lastovskom arhipelagu, a ukupna se populacija danas procjenjuje na manje od 100 parova.
Područje Parka WWF (Svjetski fond za zaštitu prirode) je proglasio jednom od deset posljednjih riznica bioraznolikosti Sredozemnog mora, a toj tituli uvelike pridonosi i raznovrsnost morskih staništa i svojti. Posebno se ističu koraligenska zajednica te zajednica livada posidonije koje su staništa brojnim svojtama, a po svojim značajkama pružaju velike usluge ekosustava – mrijestilišta riba, stabiliziranje morske podloge, proizvodnja kisika i sl.