Parkom prirode Lastovsko otočje upravlja Javna ustanova “Park prirode Lastovsko otočje“ čije je sjedište u Ublima. Javnu ustanovu “Park prirode Lastovsko otočje“ osnovala je Vlada Republike Hrvatske Uredbom o osnivanju Javne ustanove “Park prirode Lastovsko otočje“ (»Narodne Novine« 130/2006) na temelju članka 3. Zakona o proglašenju “Parka prirode Lastovsko otočje“ (»Narodne novine«, broj 111/2006) i članka 72. stavka 2. Zakona o zaštiti prirode (»Narodne novine«, broj 70/2005). Ustanova je registrirana kod nadležnog Trgovačkog suda Dubrovnik 24. siječnja 2007.g.
Sjedište ustanove je u Ublima, otok Lastovo, Trg Sv. Petra 7, a info punktovi koji su otvoreni samo u ljetnim mjesecima nalaze se u Ublima i Skrivenoj Luci.
Tijela ustanove su Upravno vijeće i ravnatelj.
Upravno vijeće upravlja Ustanovom, te donosi sve važne dokumente i odluke u vezi upravljanja. Sastoji se od pet članova koje imenuje Ministar zaštite okoliša i energetike, a svoje odluke donosi na sjednicama Upravnog vijeća.
Članovi upravnog vijeća Javne ustanove „Park prirode Lastovsko otočje“ su:
Mira Maver Čuljak, predsjednica
Ana Kovačević, članica
Lucija Kapiteli Rakić, članica
Lucija Susović, članica
Bruna Rizvanović, članica
Radom ustanove rukovodi ravnatelj kojeg imenuje ministar.
Ravnatelj Javne ustanove „Park prirode Lastovsko otočje“ je Miro Maričević, dipl.ing.agr.