Parkom prirode Lastovsko otočje upravlja Javna ustanova “Park prirode Lastovsko otočje“ čije je sjedište u Ublima. Javnu ustanovu “Park prirode Lastovsko otočje“ osnovala je Vlada Republike Hrvatske Uredbom o osnivanju Javne ustanove “Park prirode Lastovsko otočje“ (»Narodne Novine« 130/2006) na temelju članka 3. Zakona o proglašenju “Parka prirode Lastovsko otočje“ (»Narodne novine«, broj 111/2006) i članka 72. stavka 2. Zakona o zaštiti prirode (»Narodne novine«, broj 70/2005). Ustanova je registrirana kod nadležnog Trgovačkog suda Dubrovnik 24. siječnja 2007.g.
Sjedište ustanove je u Ublima, otok Lastovo, Trg Sv. Petra 7, a info punktovi koji su otvoreni samo u ljetnim mjesecima nalaze se u Ublima i Skrivenoj Luci.
Tijela ustanove su Upravno vijeće i ravnatelj.
Upravno vijeće upravlja Ustanovom, te donosi sve važne dokumente i odluke u vezi upravljanja. Sastoji se od pet članova koje imenuje Ministar zaštite okoliša i energetike, a svoje odluke donosi na sjednicama Upravnog vijeća.
Članovi upravnog vijeća Javne ustanove „Park prirode Lastovsko otočje“ su:
Mira Maver Čuljak, predsjednica
Ana Kovačević, članica
Alexandra Carol Horvat, članica
Radom ustanove rukovodi ravnatelj kojeg imenuje ministar.
Ravnatelj Javne ustanove „Park prirode Lastovsko otočje“ je Miro Maričević, dipl.ing.agr.